امام خمینی رحمه الله به مناسبت شهادت شهیدان رجایی و باهنر فرمود: «ملتی که قیام کرده است در مقابل همه قدرت‏های عالم، ملتی که برای اسلام قیام کرده است، برای خدا قیام کرده است، برای پیشرفت احکام قیام کرده است، این ملت را با ترور نمی‏شود عقب راند؛...گرچه خود واقعه و خود این افرادی که شهید شده ‏اند، در نظر همه ما عزیز و ارجمندند.آقای رجایی و آقای باهنر هر دو شهیدی هستند که با هم در جبهه‏ های نبرد با قدرت‏های فاسد هم جنگ و هم رزم بودند. مرحوم رجایی به من گفتند که من بیست سال است که با آقای باهنر همراه بودم و خدا خواست که با هم از این دنیا به سوی او هجرت کنند».